El protagonista del juego se nombra Maryo, y deberás ayudarle a vencer los niveles del juego. Además Secret Maryo Chronicles incluye un editor de niveles con el cual podrás desarrollar tus propios niveles y luego jugarlos, el editor se abre apretando la tecla F8.

En Secret Maryo Chronicles veremos las cuestiones típicos de estos juegos, es decir el gran número de niveles, diferentes estados de Maryo: pequeño, normal y súper; posibilidad de salvar juegos, y más.