La misión en Project Paradroid es la misma que la de su antecesor, el robot Influence Device tiene que apoderarse de una nave destruyendo a los demás organismos artificiales, utilizando para esto un laser, pero que no es muy poderoso.

En los niveles más difíciles tendrás que tomar el control de otros droides si quieres pasarlos. Para activar la transferencia, y la posibilidad de tomar el control de otra carcasa más poderosa, mantén pulsada la tecla Z. Cuando tu robot parpadee, impacta contra otro.

A través de un minijuego de circuitos podrás intentar la transferencia. Deberás elegir el lado mejor y ganar vía libre al mayor número de rectángulos posible. En caso de empate o derrota puede que tu carcasa se dañe o explote. Por suerte, en Project Paradroid puedes arreglar los daños en uno de los cargadores repartidos por la nave. Los paneles violeta, por otro lado, muestran mapas de la nave y el estado del droide que manejas.